Kereta api merupakan alat pengangkutan utama di Jepun, terutama untuk menghubungkan bandar-bandar utama dan pengangkut komuter di bandar-bandar besar seperti Tokyo dan Osaka. Terdapat tujuh buah syarikat daerah kereta api Jepun yang disebut Japan Railways, meliputi hampir sebahagian besar bandar dan desa di Jepun. Selain Japan Railways, terdapat juga syarikat kereta api swasta, pemerintah daerah, dan swasta dengan usahasama pemerintah daerah.

Panjang kesuluruhan landasan kereta api di Jepun adalah sekitar 23.670 km, sebahagian besar dilengkapi aliran eletrik.

Peta aliran kereta api

Fukuoka, Kobe, Kyoto, Nagoya, Osaka, Sapporo, Sendai, Tokyo dan Yokohama memiliki sistem metro, yaitu sistem kereta api untuk mengangkut para penumpang yang sebahagian besar komuter.